HiTS – Plateforme de criblage à haut débit
Eddy Pasquier
Chercheur / Responsable d'équipe
Kevin Muller
Ingénieur
Magali Saez Ayala
Ingénieure
Marie-Jeanne Basse
Assistante-Ingénieure
Philippe Roche
Chercheur
Sara Scaramuzzino
Ingénieure
Stéphane Betzi
Chercheur
Thomas Miller
Chercheur
La plateforme HiTS réunit un ensemble de compétences et de technologies pour l’accélération de la découverte de molécules bioactives, que ce soit via le criblage expérimental in vitro ou in cellulo, ou via des approches de modélisation moléculaire pour le drug-design. Nos objectifs sont d’identifier, comprendre, valider et cibler les voies de signalisation impliquant des cibles clés du développement tumoral (enzymes, surfaces d’interaction protéine/protéine …) avec l’objectif spécifique de faciliter le transfert de cibles thérapeutiques / pharmacologiques identifiées aux programmes de développement préclinique et clinique en oncologie. La plateforme est ouverte à la communauté scientifique et vous accompagne dans vos projets de recherche sous la forme de collaboration ou de prestation de service.
Criblage à haut débit HiTS
La plateforme met à disposition de ses collaborateurs une installation robotisée de criblage à haut débit comprenant un distributeur acoustique de très faibles volumes l’echo650, une centrifugeuse robotique, une scelleuse automatique de plaque, un lecteur multi-usage performant (fluorescence, absorbance, luminescence). Elle dispose également d’un robot distributeur versatile de plus grand volume. Cette série d’équipements permet de maintenir une unité de robotisation opérationnelle pour réaliser les expériences de façon rapide et fiable.
Ce service unique de très haute technologie fournit les outils nécessaires pour relever les défis scientifiques rencontrés dans le développement précoce de produits innovants en oncologie.
Modélisation moléculaire pour le Drug-Design
La particularité de cette plateforme est d’intégrer sur le même site non seulement un savoir-faire en criblage HTS mais également une offre de chémoinformatique/modélisation moléculaire au travers de la plateforme gérée par Philippe Roche (plateforme INT-3D), qui est maintenant intégrée dans HiTS. Nous pouvons donc proposer une offre de service intégrant le management de chimiothèques mais aussi la sélection en sous-famille post criblage permettant aux utilisateurs d’envisager des études de SAR par catalogue à moindre coût mais aussi, une fois les touches validées et les IC50 mesurées après rachat de poudres de démarrer les phases de ‘hit to lead’ au sein d’une même plateforme.
Savoir-faire / Technologies
• Expression, production et purification de protéines recombinantes
• Mise au point d’essai pour l’étude d’interaction protéine-protéine ou protéine-ligand (TR-FRET, HTRF, Fluorescence, TSA, test enzymatique)
• Miniaturisation et robotisation d’essai en plaques 384/1536 puits
• Criblage in vitro à haut débit grâce à la technologie acoustique
• Criblage pharmacologique in cellulo à haut-débit par mesure de cytotoxicité en 2D et en 3D, en monothérapie et combinaison, par luminescence, fluorescence et absorbance (Cell Titer Glo, Alamar Blue, Luciférase, Caspase Glo…)
• Validation biophysique des touches (TSA, ITC, X-Ray)
• Etude chémo-informatique des molécules touches
• Structure-Activity Relationship (SAR) par catalogue
• Modélisation moleculaire / Dynamique moléculaire / criblage virtuel
• Optimisation Hit-to-lead (ChemoDOTS)
• Développement de sondes covalentes (CovaDOTS - CovaLink – CovaGrow - CovaProbe)
Ressources
équipements
• Plateforme ACCESS avec bras robotique (Beckman)
• Transfert acoustique Echo650 (Beckman)
• Distribution versatile Certus Flex (Fritz Gyger)
• Lecteur de microplaque Pherastar FS Fluorescence, Absorbance, Luminescence (BMG Labtech)
• RT-PCR 384 puits CFX384 (Biorad)
• FPLC Akta Pure (Cytivia)
• Microcalorimètre ITC200 (Malvern)
• Incubateurs (Culture cellulaire/Xray)
• Caissons de stockage des chimiothèques sous azote ShortDundee pods (Roylan Developments)
Chimiothèques
• Interaction protéine-protéine : Fr-PPIChem 10,314
• Repositionnement : Prestwick 1,520
• Fragments : Fragments 1,000
• Passage de la barrière hématoencéphalique : HITCH 110
• Métabolisme : METABO 148
• Leucémie : TrGET 42
Base de données / Serveurs / Logiciels
• 2P2IDB : modulateurs d’interaction protéiné-protéine
• Fr-PPIChemDB : criblage experimental
• iscbmolDB : Molécules
• ChemoDOTS : Optimisation Hit2Lead
• Logiciels utilisés : Modeller - VMD - PyMOL - Charmm - Amber - NAMD - ChemAxon - SeeSAR - LigandScout - RDKit - MOE - PLANTS – DataWarrior – Alphafold – Schrodinger Life Science Suite
Enseignement
Les membres de la plateforme sont fortement impliqués dans divers enseignements à l'université Aix-Marseilles et dans les écoles d'ingénieurs locales :
- Master 2 Research "Ingénierie de la santé, parcours médicaments et produits de santé"
- Master 1 Research "Biologie Structurale et Génomique"
- Polytech Marseille
- École Centrale Marseille
Enseignement en criblage expérimental pour les :
- Master 2 Research "Ingénierie de la santé, parcours médicaments et produits de santé"
- École Centrale Marseille
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